Un tema central para las autoridades y familias ayseninas, fue la educación escolar. A la espera de los recursos para construir la infraestructura necesaria, en una pequeña bodega de la Sociedad Industrial de Aysén se instaló la Escuela Nº1 de niños y en dependencias de Carabineros la Escuela Nº2 de niñas.
De esta manera, y a pesar de las diversas limitaciones, la escuela ya era una institución que además de cambiarle el rostro a ciudad, cumplía con la misión esperada por las autoridades de inculcar un espíritu patriótico en las familias ayseninas, muchas de las cuáles tenían una fuerte vínculo con Argentina. Posteriormente surgieron escuelas con internado en zonas rurales.
Con la llegada de la orden religiosa Siervos de María, de la Iglesia Católica, en octubre de 1938 comenzó a funcionar la escuela parroquial Crescense Errazuriz (en la imagen) y en 1943 se abrió la escuela internado de niñas San José.