El origen del Museo Regional de Aysén se encuentra en el profundo deseo de la comunidad local de contar con un lugar especializado en el resguardo y la difusión del patrimonio natural y cultural de la región.
Luego de un largo período de trabajo iniciado desde Aysén, la Dirección de Bibliotecas, Archivos y Museos (Dibam) manifestó el 2010 su voluntad e interés por administrar el futuro museo, dando pie a la aprobación por parte del Gobierno Regional de Aysén de una etapa de diseño que finalizó con la propuesta arquitectónica y de restauración del Monumento Histórico Nacional "Construcciones de la Sociedad Industrial de Aysén" para albergar la institución.
Tanto el proyecto de construcción y restauración como la exhibición permanente regional fueron financiadas por el Gobierno Regional de Aysén y el Programa para la Puesta en Valor del Patrimonio que desarrolla la Subsecretaría de Desarrollo Regional y Administrativo (SUBDERE) a través de la Dirección de Arquitectura, Ministerio de Obras Públicas.
El 9 de febrero de 2015 se iniciaron las obras de restauración y construcción. El 5 enero del año 2018 el Museo se abrió a la comunidad y en Marzo del 2019 culminó el desarrollo museográfico con la inauguración de la exposición permanente y regional.
Proyecto arquitectónico
Las construcciones de la Sociedad Industrial de Aysén (SIA) fueron declaradas Monumento Histórico Nacional a través de Decreto Supremo N°413 el 4 de noviembre de 2009. Sus orígenes dan cuenta de la ocupación inicial del actual territorio aysenino, cuando a principios del siglo XX el Estado chileno entregó en arriendo importantes concesiones territoriales a diversas empresas, con la condición de introducir mejoras necesarias para favorecer la colonización de Aysén.
Esta sociedad se abocó a la explotación ganadera en los valles de Coyhaique, Ñirehuao y Mañihuales, e instaló su casco administrativo en la estratégica confluencia de los ríos Simpson y Coyhaique, cercano a la frontera con Argentina y conectado a través de una senda con el naciente Puerto Aysén.
Al igual que otras estancias ovejeras en la Patagonia, la Estancia Coyhaique organizó la distribución de viviendas, comedores, corrales, galpones y caminos de acuerdo al agrupamiento de funciones y las jerarquías administrativas.
El Monumento se encuentra conformado por cuatro polígonos. El primero de ellos alberga un conjunto de cinco inmuebles: oficina del contador, almacén, casa de capataz, bodega y pulpería. El segundo polígono contiene la cocina de peones, mientras que en el tercero se encuentra el baño de ovejas. Finalmente, en el cuarto polígono se ubica el cementerio de la estancia.
El proyecto Museo Regional de Aysén contempló la restauración de 6 edificaciones que forman parte de los polígonos I y II del Monumento Histórico, implementándose un museo de sitio que contiene el principal conjunto de construcciones de la SIA y que albergan distintos usos, entre ellos oficinas administrativas, exposiciones, salas para talleres, entre otras.
Se construyó además un moderno edificio acorde al conjunto patrimonial, para brindar todas las condiciones paraa que funcione un museo del siglo XXI, con depósito de colecciones, laboratorios y oficinas de trabajo que permitan la investigación del patrimonio aysenino, en la región.