En sus inicios, la actividad marítima requerida para la instalación de la Sociedad Industrial de Aysén (1903- 1906), se efectuó en el sector conocido como Puerto Dun, en el campamento inicial de la compañía. Pero en 1910, dadas las dificultades de la navegación, el muelle se trasladó al sector conocido en la época como “Mediagua”, aguas abajo de Puerto Dun. El lugar pronto fue conocido como El Puerto.
Hacia 1907, el administrador de la SIA Juan Dun, contrató el servicio de la Compañía Sudamericana de Vapores, para arribar al puerto una vez al mes. La naviera dispuso a los vapores Lircay y Cautín.
Para mediados de 1920, la navegación entre Puerto Aysén y Puerto Montt se desarrollaba con mayor regularidad. En 1923 la Compañía adquirió el Vapor Inca y en 1929 invirtió en el Vapor Coyhaique.
A partir de 1928, con la creación administrativa del territorio de Aysén y la llegada de la institucionalidad pública, se sumaron nuevos servicios de traslado, como el Vapor Tenglo. Además de empresas privadas como Alonso y Cía., Holmberg y Oelckers que también ofrecían servicios de pasajeros y carga.
Un acontecimiento que por décadas removió la vida social, fue la llegada de los barcos que desde el puerto de Aysén, conectaban el territorio con el resto del país. Tan importante era, que el diario anunciaba en sus sección de vida social quién llegaba o partía de la ciudad.
