Km. 3 camino a Coyhaique Alto, Coyhaique.
El Museo se emplaza en un terreno de aprox. 3 hectáreas de superficie, que incluye seis construcciones restauradas de la Sociedad Industrial de Aysén (declaradas Monumento Histórico Nacional desde el año 2009), más un edificio nuevo construido especialmente para el Museo. Cuenta con tres áreas de exposiciones, auditorio, laboratorios de investigación, espacio para talleres, depósito de colecciones y zonas administrativas; además de un parque al aire libre y desde 2019, restaurant/cafetería.
El Museo se divide en dos áreas o polígonos. El polígono sur corresponde al museo de sitio o conjunto patrimonial, ya que concentra cinco de las seis construcciones restauradas y la exposición de Pulpería, que presenta el origen de la Estancia Coyhaique de la Sociedad Industrial de Aysén. Por su parte, en el polígono norte se encuentra el edificio nuevo que comprende el salón principal de exposiciones, el auditorio y un subterráneo donde se ubican las áreas técnicas del Museo.
